Це було нескладно. Про те як це правильно зробити я розписувати не буду, тому що всі етапи детально розписані у кодексі WordPress тут: Enhanced Comment Display (російською десь поруч має бути). Зайняло це буквально пів години, правити довелося всього два файли. Зверніть увагу на розділ, де javascript, бо це якраз той скрипт, який оживляє вашу форму коментування (при натисканні на «Відповісти» сторінка не перезавантажується).

Все інше робиться стилями CSS — у мене виникли наступні нюанси:

* Елемент textarea був ~700px шириною і перекривав мою бічну колонку, коли я намагався відповісти на існуючий коментар. Поправивши на ширину 100% вирішило проблему.
* Коментарі і відповіді — різні речі. Коментарі потрапляють під елемент OL (нумерація), а відповіді — UL (ненумерований). Елемента UL присвоюється клас ‘children’, куди і варто додавати стиль margin-left — не плутайте.
* Вкладені коментарі не дуже акуратно виглядають без рамок. Особисто мені не подобається, як вони виглядають в стандартній темі, тому мій варіант — трохи padding-left border-left для елементів LI в списках UL і OL (коментарі і відповіді).
* Посилання ‘Відповісти’ не є частиною цього коментаря і не потрапляє під тег P, тому потрібно окремо для неї прописувати margin-left (якщо дійсно потрібно).
* Формою коментування потрібен стиль з margin-left коли коментар є відповіддю, а не коментарем. Щоб їх розрізнити можна використовувати наступне (.comment означає що новий коментар є відповіддю, а #respond це власне наша форма):

.comment #respond { margin-left: 42px; }

Ну ось і все! Тепер ви теж молодці!